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An error was raised by libgit2. Category = Os (NotFound).
Existing path is not a directory (プロジェクトフォルダ): 既に存在するファイルを作成することはできません。

困った。

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とりあえず、プロジェクトの保存フォルダを変更。再度 git init することで問題を回避した。